PHP's include er ikke instant. Du skal hente siden, som hvis du opdaterer den.
Hvis du vil have en direkte ændring, uden at bruge frames, er jeg bange for, at du skal til at bruge javascript.
Se
http://en.wikipedia.org/wiki/AJAXDesuden (jeg er sikker på jeg ikke er den første der har sagt det til dig) vil jeg råde der til at skifte til at bruge CSS til side-opbygning. Det er meget, meget stærkere. Du kan alt fra tables og meget mere til.
Se evt. http//html.dk 's tutorials om brugen af div