WinApi, også kaldet Win32Api også kaldet SDK, er et rå api, hvor man tilgår windows direkte. Det har den fordel at det er meget fleksibelt, man har fuld kontrol (på godt og ondt) og der er ikke nogen forstyrende mellemlag. Ulempen er så at det kan være noget tungt at arbejde med og man skal lave mere kode selv.
MFC er vist en forældet teknologi og kan derfor ikke anbefales. Også fordi det fra starten har været dårligt designet. MFC kan kun kompileres med MS Visual C++ og nogle versioner af Borland Builder.
ATL bruger man vist til COM; kender det ikke.
WTL kender jeg heller ikke.
Ud over dem du nævner er der:
VCL, Borlands C++ "bibliotek", det er et meget stærkt bibliotek hvor man får meget forærende, man kan f.ex. lave en Web-browser ved Drag&Drop og en linie kode. Ulempen er at VCL kun understøttes af Borland.
wxWindows/wxWidgets, der er et open source C++ bibliotek. Det har den fordel at det kan bruges med mange forskellige kompilere på mange platforme (windows, linux, mac, ...). Ulempen er at der ikke er nogen IDE der direkte understøtter det. Designet ligner noget MFC men er en del kønnere. Du finder wxWidgets her:
http://www.wxwidgets.org/Jeg vil foreslå WinApi eller wxWidgets.