jeg syntes ikke du svarede på jens's spørgsmål, hvad er årsagen til du ikke kan bruge row ??
http://getbootstrap.com/examples/grid/det er jo oplagt at lave det med row som du selv er inde på
<div class="row">
<div class="col-md-4">1</div>
<div class="col-md-4">2</div>
<div class="col-md-4">3</div>
</div>
<div class="row">
<div class="col-md-4">4</div>
<div class="col-md-4">5</div>
<div class="col-md-4">6</div>
</div>
det kunne være noget af dit eget CSS der laver problemet.
brug bootstrap classer så meget som muligt, og tilføj da til sidst dit eget css
Det var også mere hvis der var en smart løsning til bootstrap, så ikke skulle ud og til at rette det i CSSen
uden at kende din code er det svært at svare på.