her overskriver du variablen hele tiden, og får kun den sidste
$thelist = '<option>'.$file.'</option>';
du kan udskrive det inden i og ligge hele coden ned i din select box
echo '<option>'.$file.'</option>';
eller concatenerer stringen lig mærke til punktum foran ligmed
$thelist .= '<option>'.$file.'</option>';
(utested)
<?php
$thelist="";
$files = scandir('gallery/photos/');
sort($files);
foreach($files as $file) {
$thelist. = '<option>'.$file.'</option>';
}
?>