Der er lidt for og imod på begge sider.
http://net.tutsplus.com/tutorials/php/pdo-vs-mysqli-which-should-you-use/Personligt foretrækker jeg PDO da jeg synes det bare er mere overskueligt med named parameters.
Og så det at PDO kan kører med 12 drivere, det er nok rimelig godt at benytte for evt. videreudvikling.