Tid på email modtagelse?

og det må så være unikt så vidt jeg kan forstå?

nej, du kan principelt godt modtage flere mails sammen sekundt
unix time er som bekendt antal sekundter siden 01-01-1970 kl 00:00:01
men du kan jo lave tiden om med http://dk1.php.net/manual/en/function.date.php

Ahh okay mente bare at serveren kun kunne registere en ting i samme sekund.

Problemet er nemlig af de andre message id'er jeg kan hente ud fra mailen kun er id'et på rækkefølgen i mailboxen, dvs med 3 emails i mailboxen så er der kun id 1 2 og 3, og sletter jeg en og får en ny mail så får den nye mail id 3, hvilket er lidt ubrugeligt, mangler et unikt id at kæde mailen sammen med i databasen.

så er der kun id 1 2 og 3, og sletter jeg en og får en ny mail så får den nye mail id 3, hvilket er lidt ubrugeligt,

er din id i db ikke autonummeret ?? bør den være, og dermed kan et id nummer ikke genbruges af databasen

Jo selvfølgelig, men skal bruge et id til at kæde emails i mailboxen sammen med de emails allerede indsat i databasen, således jeg ikke indsætter de samme flere gange.

http://www.emailaddressmanager.com/tips/header.html
kan du ikke bruge den der hedder Message-ID:

Jo kunne jeg godt, men kan ikke få fat på den nogle steder, bruger http://php.net/manual/en/function.imap-headerinfo.php med message_id, men den returnere ikke noget (andre ting kan jeg godt hive ud).

Kan det være fordi alle mail klienter ikke sender et sådan id med?

ref http://stackoverflow.com/questions/8513165/php-imap-do-emails-have-to-have-a-messageid

The message ID has nothing to do with IMAP but is part of the mail itself and specified in RFC 2822 as "optional" (although it says that it should be present):

Though optional, every message SHOULD have a "Message-ID:" field.

So you are not doing anything wrong if some mails lack a Message-ID. It happens for all the mails that the MUA that originally sent the mail did not generate one for (which however every commonly used MUA should do).

Concerning a unique ID for identifying mails via IMAP, you may want to have a look at the UID field described in the standard.