Du kan jo starte fra toppen og så ned.
Hele templatesystemet er lavet ud fra at man henter header.php i toppen og footer.php i bunden af alle andre sider
Så kan du starte med header-delen. Altså topmenu m.m.
Derefter tager du footeren. Altså copyright notice og evt sitemap.
Så går du alle templatesne igennem fra ende til anden og får dem til at passe med designet lavet af grafikeren
og self kan du altid lægge din egen html ind i designet på de templates du føler har brug for det.
Dog vil jeg sige at man skal passe på med at ændre for meget i strukturen da mange af elementerne, som er i det tema, indeholder id'er og class'er som bruges af wordpress systemet.
Det tager sig noget tid at vende sig til men er ikke den store hjernevrider. Prøv dig frem