Nu skal jeg ikke sige om det vil virke i forhold til indexes osv. Tror jeg egentligt bliver største problem (har ikke rodet med access databaser siden jeg var 10 år, så det er ved at være noget tid siden :-) )
Bedste forslag vil være at se om du kan gemme din access fil som en csv eller lignende og så importere det i mysql.
Fandt dette link, som du måske kan få noget nyttig information fra:
http://www.kitebird.com/articles/access-migrate.html