Tak for hjælpen efter lidt kom jeg frem til en teknik der virkede:
<?php
$a = 400;
$b = 400;
$r = 200;
$pi = pi();
$pi2 = 2 * $pi;
$rr = $r * $r ;
$from = -180;
$to = -90;
$to_radians = ($to)  *( $pi / 180);
$inside_radians = ($to - $from) * $pi / 180;
$fx = $r * cos($to_radians);
$fy = -$r * sin($to_radians);
$at2f = atan2($fy, $fx);
for($y = $r; $y >= -$r; $y-= 15){
  $sqrt = sqrt($rr-$y*$y);
  $lx = -$sqrt;
  $rx = $sqrt;
  $atlx = atan2($y, $lx) - $at2f;
  $atrx = atan2($y, $rx) - $at2f;
  if($atlx < 0){
    $atlx = $pi2 + $atlx;
  }
  if($atrx < 0){
    $atrx = $pi2 + $atrx;
  }
  if($atlx < $inside_radians){
    print '<div style="position:absolute;width:50px;height:1px;top:'.(-$y + $b).'px;left:'.($lx + $a).'px;background:green;">'.rad2deg($atlx).'</div>';
  }else{
    print '<div style="position:absolute;width:50spx;height:1px;top:'.(-$y + $b).'px;left:'.($lx + $a).'px;background:red;">'.rad2deg($atlx).'</div>';
  }
  if($atrx < $inside_radians){
    print '<div style="position:absolute;width:50px;height:1px;top:'.(-$y + $b).'px;left:'.($rx + $a).'px;background:green;">'.rad2deg($atrx).'</div>';
  }else{
    print '<div style="position:absolute;width:50px;height:1px;top:'.(-$y + $b).'px;left:'.($rx + $a).'px;background:red;">'.rad2deg($atrx).'</div>';
  } 
}
?>
Kom frem til at cirklen centrum er ligegyldt. Kan bare rykke punkterne bagefter. Der udover kan jeg ikke lige se hvorfor du skrev 4 og /2 i dine ligninger.
Pythagoras:  c^2 = a^2 + b^2  =>  a = sqrt(c^2 - b^2)