I de CMS'er, jeg laver, bruger jeg som regel drag'n'drop til at lade brugeren ændre rækkefølge. Det kræver en ekstra kolonne i tabellen med sider eller menupunkter (afhængigt af, hvordan du har bygget dit CMS) indeholdende et tal for, hvilken orden, brugeren vil have (fx 1 for første side, 2 for anden osv.).
I praksis laver jeg oftest en side i administrationen med en liste over alle sider - her kan brugeren bare trække i dem, og der opdateres via Ajax.
Læs et rigtig godt eksempel her, som anvender PHP, MySQL og jQuery.