Begge dele er sådan set lige belastende hvis man skal se IO mæssigt på det, da MySQL også er baseret på filsystemet. Benyttes MySQL så er der også en masse andre systemresourcer som skal lægges til.
Der hvor forskellen ligger er at MySQL er enormt god til caching. Dvs. resultatet af et SELECT statement bliver sendt til system cachen og bliver først clearet når der laves ændringer til de data resultatet er generet fra, eller når nye statements har behov for pladsen i cachen.
Når der skal laves en chat med MySQL som base, ville man nok benytte en tabel med InnoDB engine, hvor det hele lægges i mem. Eneste hage der er ved det, er når serveren bliver genstartet så tømmes tabellen. Når det bare er en chat, så sker der jo ikke så meget ved det.