Jeg har simpelt hen selv fundet en løsning nu. Den vil jeg selvfølgelig dele med andre som kunne støde ind i samme problem.
1. Download FFmpeg med vhook support her:
http://tripp.arrozcru.com/builds/ffmpeg-13981-shared.7z2. Afprøv om FFmpeg virker vha. en kommando i stil med denne via cmd.exe: ffmpeg.exe -y -i video.mpg -vhook "vhook\watermark.dll -f watermark.png" output.mpg
Husk at have filerne video.mpg og watermark.png liggende i samme mappe som ffmpeg.exe