Altså du kan altid tage manuel backup som folk nævner. phpMyAdmin kan gemme hele din database i en zip-fil. Men hvis det skal være mere seriøst, bør du nok vælge noget bedre.
Uden at have brugt metoden endnu, vil jeg udmiddelbart mene det optimaleste er at lave et mirror (dvs. en klon af din side), som du via ssh sender over på en anden server, placeret i gerne et andet hus.
Det er sådanne metode man gør men store server som skal have høj oppetid.
Da din server sandsynligvis bruger linux vil jeg bruge rsync. Den kan gøre alt dette for dig. Hvis du har ssh adgang til serveren kan du lade serveren selv gøre det, og eksempelvis lave et mirror på din desktop.
En meget kort forklaring hvordan dette kan løses kan ses her:
http://www.howtoforge.com/mirroring_with_rsyncLæs mere om rsync her:
http://en.wikipedia.org/wiki/Rsync