Puuha stort spørgsmål...
Personligt er jeg den type der ikke ser et problem med antallet af filer, så længe det er organiseret overskueligt og det giver mening. Jeg har flere projekter med over 1000 filer i.
Jeg ville lave en mappe til hvert delsystem, fx. moduler, forretningslogik, services osv. og så i de mapper have de klasser der giver mening i den kontekst.
Er det smartest at have designet i en .master fil og så have en masse filer de enkelte sider linker til, eller er det smartest at have designet i default.aspx og så enten bruge server.execute() eller include til at hente de filer der nu skal bruges udefra, eller hvordan?
Lav en side (abc.aspx samt abc.aspx.cs) pr. "side i dit system", lad være med at lave det hele i een stor pærevælling, husk på at du også skal kunne finde ud af at vedligeholde det efterfølgende.
Lav dit design i din .master fil, og så lav sider for hver af de sider der skal linkes til, der så IKKE indeholder forretningslogik, men kun reference til dine forretningslogik klasser som så står for alt der praktiske.
Og hvad med selve c# delen - skal jeg lave en .cs fil til hver enkel aspx fil eller skal jeg f.eks. lave én stor funktionsfil med de funktioner der går igen, og så lave nogle mindre .cs filer til de individuelle filer eller?
Jeg tror du skal tænke mere objektorienteret, du fokuserer på "funktionsfiler" og det mener jeg er forkert! Du skal derimod lave klasser der indkapsler din logik og så er det dem du beder om at udføre en opgave fx. en Kunde klasse, kan oprette, slette, opdatere og læse en kunde, den kalder så videre ned til noget der kan snakke med databasen, så du ALDRIG i din side skal bekymre dig om det. (jeg flytter altid dette ud i et selvstændigt projekt, så det kan genbruges til fx. webservices).
Det er lidt svært at forklare hvis ikke du er helt med på det, men det handler om opdeling, og gruppering af ansvar og så må du spørge til enkeltelementer af det jeg har skrevet hvis du vil have dybere svar :-) det er meget omfattende, og dette er min holdning til hvordan tingene skal laves.