Mange tak for de gode bud. Jeg har selv fået lavet en løsning nu, ved at bruge javascript (mootools). Jeg regner positionen af <area>-tagget ud, og indsætter en rød div-boks hen over det. Samtidig deaktiverer jeg linket for det area-tag. Kildekoden til min funktion kan ses her:
function hideArea(areaID) {
var kortCoords = $('kort').getCoordinates(); // Find koordinaterne til billedet der danner kortet
var areaCoords = $(areaID).getProperty('coords'); // Find koordinaterne til det pågældende area i kortet
var dividedAreaCoords = areaCoords.split(","); // Del area'et op i et array
var newAreaCoordX = kortCoords['left'] + dividedAreaCoords[0].toInt(); //Finder koordinater, bredde og højde af rektanglet der skal tegnes
var newAreaCoordY = kortCoords['top'] + dividedAreaCoords[1].toInt();
var areaWidth = dividedAreaCoords[2] - dividedAreaCoords[0];
var areaHeight = dividedAreaCoords[3] - dividedAreaCoords[1];
var nyDiv = new Element('div', {class : 'coverDivs'}).injectInside($('div1')); // Defineret det nye element
$(nyDiv).setStyle('left', newAreaCoordX); // Indstiller det nye elements css-style
$(nyDiv).setStyle('top', newAreaCoordY);
$(nyDiv).setStyle('width', areaWidth);
$(nyDiv).setStyle('height', areaHeight);
$(areaID).erase('href'); // Fjerner linket fra det pågældende area-tag
$(areaID).set('nohref', 'nohref');
}