Det kommer helt an på situationen, for iframes og PHP er jo slet ikke opfundet til samme formål.
Hvis det du vil, er at vise den samme menu på alle sider, uden at skulle skrive den igen på hver html-side - eller omvendt, at vise forskellige sider i det samme overordnede design - så er iframe brugt af folk der ikke er så gode til serverside includes - som f.eks. kan gøres med PHP. Det er ikke "korrekt" at anvende iframes til dette formål. Iframes bruges efterhånden mest som et "hack" til at vise indhold fra andre domæner.
Men med det sagt, så er iframes ikke ulovlige at bruge, og vis du ikke ved nok om PHP til at arbejde med dynamiske menuer/dynamisk indhold, så brug da endelig iframes.