Jeg tror at det har noget at gøre med de rettigheder der er på root-mappen på dit website... Jeg har testet på min egen side. Hvis jeg har to mapper med 2 filer:
minside.dk/test/rename.php
og
minside.dk/test2/text.txt
hvor dette er scriptet rename.php:
-  $filename = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/test2/text.txt';
 -  
 -  if (file_exists($filename)) {
 -      echo "Det virker";
 -      rename($filename, $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/test2/text2.txt');
 -      }
 -      else {
 -       echo "Filen eksister ikke";
 -      }
 
Det virker fint, men tager jeg det et niveau højere op (til root-mappen):
-  $filename = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/text.txt';
 -  
 -  if (file_exists($filename)) {
 -      echo "Det virker";
 -      rename($filename, $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/text2.txt');
 -      }
 -      else {
 -       echo "Filen eksister ikke";
 -      }
 
Så virker det pludselig ikke.
Til gengæld virker det fint hvis begge filer (rename.php og text.txt) ligger i rootmappen:
$filename = 'text.txt';
if (file_exists($filename)) {
	echo "Det virker";
	rename($filename, 'text2.txt');
	}
	else {
 	echo "Filen eksister ikke";
	} 
Måske du kan bruge det til noget