Jeg har selv samme problem... Jeg tror måske det hjælper at ændre charsettet til ISO-8859-1. Har prøvet at lave en standart HTML side med charser UTF-8 og skrevet æøå, men den viste tre firkanter. Da jeg skiftede til ISO-8859-1 viste den dem fint.
Prøv at skrive følgende i head sektionen af de sider hvor der er problemer:
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=iso-8859-1">