echo "fil: "<link href="uploads/" . $file . ""> . $file . </a>"<br>";
Du starter et <link> tag og lukker med et </a> tag
.
Ret det til
echo "fil: <a href=\\"uploads/$file\\">$file</a><br>";
Fjernede også lige nogle af de escapes du lavede så koden ser lidt mere overskuelig ud
.