Du er nødt til at åbne filen, med append til false, skrive alle linjer og derpå lukke den.
Eller åbne filen med append til false. Og lukke den igen, så er den tom. Og derpå åbne filen med append til true.
Eller starte med at slette filen, og derpå åbne den med append til true.
Så vidt jeg ved er det delete der bliver brugt til at slette filer:
http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/api/java/io/File.html#delete()