Jeg tror du skal se på InputStreamReader og OutputStreamWriter, da man kan angive tegnsæt på disse. Tegnsættet i konsollen i windows er enten cp850 eller cp865.
Du opretter InputStreamReader og OutputStreamWriter sådan:
InputStreamReader stdin = new InputStreamReader(System.in, "cp850");
OutputStreamWriter stdout = new OutputStreamWriter(System.out, "cp850");
Jeg har ikke selv testet ovenstående, og er ikke helt sikker på at tegnsættet rent faktisk hedder cp850 i java, men du kan jo slå det op i dokumentationen
Forresten så kan man ikke læse en linie fra en InputStreamReader - der skal man bruge en BufferedReader:
InputStreamReader stdin = new InputStreamReader(System.in, "cp850");
BufferedReader console = new BufferedReader(stdin);
String S = console.readLine();
stdout.write("Du skrev: "+S+"\\n");