Jeg kender ikke PHP, men i andre sprog er "Divide and conquer" en vigtig metode til at bevare overblikket:
http://en.wikipedia.org/wiki/Divide_and_conquer_algorithmDvs. del din kode op i små dele, det er meget lettere at overskuer 25 funktioner af 10 linier en det er at overskue én funktion på 250 linier.
Jeg er ikke så meget for kommentarer. Jeg laver sjældent kommentarer i min egen kode og gør jeg det er det oftest for at gøre opmærksom på en "special feature" og ikke for at danne overblik.
Hvis du bruger en editor der kan liste funktioner, class'er og hvad man nu bruger i PHP er det også en hjælp.