Forskellen er hvad systemet er kompileret til... i386 er "grundstenen" for de fleste moderne x86-processorer (Athlon, Pentium, osv.), hvilket betyder at i386-kode kan køre på alle disse, men at den ikke drager fordel af nyere processoreres avancerede instruktioner.
Hvis du insisterer på at din maskine skal være optimeret til din processor (altså ikke "lowest common denominator" som i386 er), har FreeBSD et yderst godt system hvormed du kan rekompilere hele styresystemet.